Las causas de muerte de los manatíes se clasifican en 8 categorías según descubrimientos histológicos y microbiológicos:
-Por embarcaciones: Manatíes que son atropellados por botes o cualquier tipo de embarcación. La muerte surge como consecuencia del impacto, por arrollamiento, por grandes heridas causadas por las hélices o por combinación de las tres.
-Por aplastamiento/ahogo en diques y represas: manatíes que mueren aplastados o asfixiados en diques y represas.
-Por otras actividades humanas: manatíes que mueren como consecuencia de vandalismo, caza, atrapados en tuberías, enredados en sogas, líneas y redes de pesca, o por ingesta de equipo de pesca y desperdicios.
-Perinatales: manatíes con longitud total menor a 150 cm que no se ha determinado que hayan muerto por actividades humanas.
-Por enfriamiento: manatíes que mueren por prolongada exposición a clima frío (son animales de aguas tropicales y semitempladas). Los animales se encuentran demacrados y en estado de malnutrición.
-Por causas naturales: manatíes que mueren por enfermedades infecciosas y no infecciosas, complicaciones de nacimiento, accidentes naturales y catástrofes naturales (como envenenamiento por "marea roja").
-Indeterminadas: manatíes cuya causa de muerte no ha podido ser determinada.
-Verificadas/No recuperadas: manatíes cuya muerte fue reportada y verificada pero cuyo cuerpo no estuvo disponible.
